Começando no Centro de Convenções, o bairro tem como limites Pituaçu ao leste e o Imbuí ao norte. Este último, antigamente, também era chamado de Boca do Rio, assim como o local hoje conhecido como Conjunto Guilherme Marback. A região, hoje conhecida por Boca do rio, pertencia à freguesia de Nossa Senhora de Brotas, que ia do engenho da Bolandeira até a fronteira com a freguesia de Itapuã.
A história da propriedade das terras da Boca do Rio remonta o período imediatamente depois da fundação da cidade por Tomé de Souza. Segundo o Historiador Cid Teixeira, a Boca do Rio teve três grandes proprietários no início de sua história; o D. Antônio Ataíde, Conde de Castanheira e primo de Tomé de Souza; os Monges Beneditinos e o Povoador García D’Ávila. Estas três sesmarias foram doadas pelo Governador Tomé de Souza.
Os Beneditinos e o Povoador Garcia D’Ávila logo trocaram estas terras, mas o Conde da Castanheira permaneceu com elas e as foi deixando para herdeiros em várias gerações. No século XIX, entretanto, um acordo mudaria os rumos do título das terras da Boca do Rio, O Governador Manuel da Cunha Menezes, enviado de Portugal, se casou com a Condessa de Lumiares, herdeira legítima das terras do Conde de Castanheiras, o filho do casal, Manuel Inácio da Cunha Menezes, agora Conde do Rio Vermelho se tornou o dono das terras da Boca do Rio. Ele morava numa casa onde hoje fica o antigo Aeroclube, e explorava ali com ajuda de escravos a pesca do Xareu e de Baleia.
Ele montou uma oficina de beneficiamento do óleo de Baleia onde antes se vendiam escravos, na Casa de Pedra. Após muitos anos a Companhia do Queimado comprou as terras das mãos de Manuel Inácio da Cunha Menezes.
A atividade pesqueira iniciou o povoamento da comunidade, a pesca do Xaréu e do Bagre na boca do Rio das Pedras e a saída e chegada das tradicionais jangadas pela boca desse rio foi o ponto inicial de colonização desta comunidade. Lindas estórias são contadas por pescadores da Colônia de Pesca da Boca do Rio.
Nesta época os negros, seguindo seus instintos ancestrais, saiam do Quilombo do Cabula e de diversos outros lugares da cidade em busca da fartura de Xaréus e Bagres na desembocadura do Rio das Pedras. Esta praia foi batizada de Aratubáia e é banhada pelas águas quentes do Atlântico. Ali fixavam moradia e dedicavam-se a pesca e a fabricação de vassouras artesanais feitas de piaçava, uma palmeira nativa da restinga da região. Estes são os ancestrais de boa parte dos moradores e pescadores da comunidade.
O nascimento do bairro foi em 1950, mas em 1960 se deu a grande reviravolta com a chegada dos moradores das ocupações “Bico de Ferro” na Pituba, onde hoje é o Jardim dos Namorados, e por moradores de outra invasão em Ondina, que foram expulsos de seus bairros de origem pelo então Prefeito de Salvador, Antônio Carlos Magalhães.
Algumas pessoas começaram a construir casas ao redor do antigo aeroclube e assim a comunidade foi crescendo. Quando as mais de 200 famílias de Ondina chegaram a Boca do Rio, não havia água ou luz elétrica, as pessoas pegavam água de um reservatório da Embasa, e o lugar ocupado por eles na Boca do Rio é até hoje conhecido como Alto de Ondina. O Sistema de Transporte da região também era muito precário, a primeira empresa a circular na Boca do Rio foi a ITT, e logo depois chegou a BTU. Hoje, devido ao plano da engenharia de trafego da prefeitura a região é bem regada de transporte público.
Outro fator que contribuiu para o povoamento da Boca do rio foram pessoas que queriam montar suas casas de veraneio em um lugar cercado por dunas descobriram este lugar paradisíaco. Até a década de 60, havia no lugar uma grande lagoa (hoje aterrada) e também um manguezal, que era margeado por sua vegetação típica.
Em 1979 a Boca do rio ganha mais um presente, o Centro de Convenções da Bahia, um prédio público de arquitetura moderna e com capacidade de acolher 4,6 mil congressistas, destinado às feiras e exposições de negócios, além de congressos nacionais e internacionais, sendo um dos maiores Centro de Convenções do País, situado na Av. Simón Bolívar. A primeira rua a ser asfaltada na Boca do Rio foi a Rua da Moenda, o resto da comunidade só recebeu urbanização a partir da gestão de Mário Kertész que foi prefeito de Salvador de 1979 á 1981.
Pontuado por uma série de empreendimentos famosos em todo o Brasil, além da Sede de praia do Esporte Clube Bahia, há também alguns dos melhores restaurantes de Salvador como o Restaurante Yemanjá, Bargaço, Churrascaria Boi Preto, Tchê Picanha, Frango do Moura, A Porteira, O Picuí, o Corsário Praia Hotel, o Hotel Praia dos Artistas e muitos outros. Também temos quatro faculdades no bairro, como a FAMA, Faculdade Montessoriano de Salvador, oriunda da pioneira escola Montessoriano que ali existe ha dez anos.
A Boca do rio é também escolhida para a prática de diversos esportes, como por exemplo o triátlon, o ciclismo e o cooper; possuindo um percurso predominantemente plano, na orla marítima, partindo da altura do estacionamento do Aeroclube (próximo ao posto BR e ao Clube Bahia), seguindo pelo calçadão até a passarela do Parque Costa Azul. Boa condição de pista, excelente visual e ótima qualidade de ar.
Os biomas de restinga e mata atlântica garantem uma notória e observada biodiversidade à região. É comum aos moradores da Boca do Rio acompanhar a desova de tartarugas marinhas e a rota migratória das baleias Jubarte na Praia dos Artistas, ou até mesmo a reprodução de uma infinidade de aves silvestres nativas do local.